目前最常用的藥物分為以下4類：
水楊酸類藥物：這類藥物最便宜的是柳氮磺胺吡啶，口服后需要人體腸內(nèi)細菌的幫助才能分解為5-氨基水楊酸發(fā)揮治療作用，但是分解的另一種藥物成份磺胺吡啶則對肝臟可能會有損害，因此服用該類藥物的患者最后不要同時服用抗生素，并每月定期檢查肝功能轉(zhuǎn)氨酶。為了避免這種副作用，推出了純化的5-氨基水楊酸并精心包裝使其不被胃酸破壞只在結(jié)腸病變部分釋放發(fā)揮作用，由于這種制備工藝的提高，藥品相應也較貴。這些藥物可以口服，也可以塞肛，它們能夠改變患者機體的功能，延緩炎癥的進程。這類藥物對輕到中度的潰瘍性結(jié)腸炎有效果，同時，也可預防該疾病的再發(fā)。
糖皮質(zhì)激素：這類藥物主要有口服制劑強的松，重癥患者也可短期使用靜脈制劑。因為它的副作用較多，不推薦作為長療程治療或維持治療。在選用該類藥物時醫(yī)生可能會就其療效和副作用與患者詳細討論。
免疫調(diào)節(jié)劑：這類藥物包括硫唑嘌呤、6-巰基嘌呤6-MP、環(huán)孢霉素。藥物通過抑制機體的免疫系統(tǒng)來控制炎癥的繼續(xù)發(fā)展。免疫調(diào)節(jié)劑適用于那些對氨基水楊酸類藥物和糖皮質(zhì)激素使用無效或部分有效的患者，也是目前維持治療最好的藥物之一。它也可用于減輕或消除患者對糖皮質(zhì)激素的依賴。當患者對其他藥物無反應時，它可能對維持疾病的緩解起作用。但該類藥物一般服用3月左右開始起效，部分患者易出現(xiàn)白細胞降低。
生物治療：這是一類最新的治療炎癥性腸病的藥物。相對于其他藥物，它是一種療效較高的一種藥物，主要是阻斷腸粘膜炎癥反應的”開關”。這種藥物起效快，能達到粘膜的長期修復，減少復發(fā)，可以幫助類固醇撤藥，也是緩解期的維持用藥。
藥物治療往往是長期的，因此醫(yī)生在制訂治療方案是常根據(jù)患者的個體情況、疾病的分期、是否有并發(fā)癥、經(jīng)濟狀況等選擇不同的個體化用藥案。
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